Měla by logistická varianta (resp. indikátor balení) kódu SSCC být vždy „3“?

NE.
Tento doplňující znak, resp. indikátor balení, může být jakékoliv číslo od 0 do 9 a jeho použití je plně v kompetenci společnosti, která vytváří logistické etikety, nemusí to být vždy právě jen „3“.